Logo Madrasah An-Nur menggunakan lima warna asas iaitu biru, merah, putih, hijau dan kuning.

Tiga warna iaitu biru, merah dan putih adalah sempena warna bendera rasmi Negeri Pulau Pinang.

RASIONAL WARNA LOGO:

     MERAH     

Melambangkan semangat keberanian yang mesti ada dalam diri pelajar dalam menghadapi kehidupan.

PUTIH

Melambangkan kesucian, keluhuran dan keikhlasan hati setiap pelajar dalam menuntut ilmu pengetahuan.

    KUNING    

Warna diraja yang melambangkan kemuliaan dan sinaran ilmu. Tanpa ilmu seseorang manusia tidak akan dipandang mulia di mata masyarakat.

     BIRU    

Melambangkan keagungan Negeri Pulau Pinang juga semangat perpaduan antara guru dan pelajar dalam merapatkan lagi ukhuwah yang sedia ada.

    HIJAU    

Lambang keikhlasan sesuai dengan Maahad ini di mana matapelajaran yang berorientasikan agama Islam. Ini juga menunjukkan kesuburan ilmu pengetahuan.

STRUKTUR:

BULAN SABIT

Islam sebagai Agama rasmi kita.

AL-QURAN

Ilmu menerangi hidup sepanjang masa.